Dal 2000 Iplom applica il Sistema di gestione della sicurezza per la prevenzione degli incidenti rilevanti ai sensi del D.Lgs.334/99.
Dal 2011 la raffineria ha implementato un sistema di gestione interna secondo la norma OHSAS18001:2007.
Rispetto ai sistemi di gestione ami ente e qualità non ha base volontaria, ma cogente e non necessita di certificazioni da parte di enti indipendenti. La sorveglianza sull’applicazione di tale sistema è affidata ad apposita commissione ministeriale.
La raffineria si è dotata di un Piano di Emergenza Interno, periodicamente aggiornato, che ha lo scopo di illustrare l’organizzazione predisposta per gestire e fronteggiare le situazioni di emergenza che dovessero verificarsi nell’ambito della raffineria stessa.
La Prefettura ha predisposto un piano di emergenza esterno destinato a coordinare gli interventi delle forze dell’ordine, mezzi di soccorso e a fornire le corrette informazioni alla popolazione.